מערכות (HVAC (Heating, Ventilating and Air Conditioning הנן מערכות המאפשרות עבודה בתנאים מבוקרים בפרמטרים הכוללים: טמפ', לחות, מיזוג אוויר, החלפות אוויר, בקרת חלקיקים וזיהומים. המערכות מופעלות בחדרים נקיים, חדרי ייצור בתעשיית התרופות וביוטכנולוגיה, מעבדות ומכוני מחקר.

תכנון ובנייה של סוג מערכת ה- HVAC הוא פועל יוצא של הדרישות הרגולטוריות עבור אותו חדר ייצור והוא עשוי להיות מוגדר בין ISO1 ל- ISO9 או לחילופין כ- Class A, B,C,D, בתעשיית התרופות. הגדרות אלה משמעותיות בעת בחינת סוגי הפילטרים בהם יהיה שימוש, שטחם בתקרת החדר, קצב החלפת האוויר, השימוש באוויר חוזר או באוויר טרי וכן הלאה.

כאשר אנו מתייחסים למשימת חיטוי בחדר המחובר למערכת HVAC עלינו להתחשב בפרמטרים אלו על מנת שלא לפגוע באיכות תהליך החיטוי, או לחילופין שלא לגרום להעברת הגז H2O2 לחדר אחר שאינו מיועד לחיטוי באותו הרגע. על כן, בהרבה מקרים יתבצע כיבוי של מערכת ה- HVAC והחיטוי ייעשה ע"י מיקום מערכת ה- VHP בתוך החדר או מחוץ לחדר.

מאידך, על מנת לאפשר חיטוי יעיל מאוד, ניתן להשתמש לטובת החיטוי במערכת ה-HVAC עצמה.

לאופן שימוש זה מספר יתרונות:

• חיטוי של מספר חדרים המחוברים יחד לאותה מערכת HVAC

• פיזור יעיל מאוד של גז H202 בחדר הודות לשימוש במערכת HVAC

• חיטוי של בתי הפילטרים, התעלות והפילטרים עצמם, כערך מוסף של חיטוי החדרים. תהליך כזה עוזר בהקטנת הסיכון המיקרוביאלי באופן מערכתי כולל.

באופן עקרוני, ניתן לחבר את מערכת ה- VHP למערכת ה- HVAC בקלות יחסית ע"י פירוק פאנלים, אטימתם מחדש ע"י התקן ייעודי או ניילונים בהם חורי כניסה ויציאה לצינורות מערכת ה- VHP. לכל תהליך כזה עשוי להיות כמובן אפיון נוסף משלו. 

לאחר מכן ניתן להפעיל את מערכת ה- HVAC ולחטא באמצעותה גם את החדרים עצמם.