מחסנים הינם אזורים לוגיסטיים, המשמשים לאחסנה של חומרי גלם טרם הכנסתם למפעל, או לאחסנת מוצרים סופיים לפני שליחתם לשווקים או לקוחות. אזורים אלו נחשבים, באופן טבעי, לאזורים לא מוגנים מבחינה מיקרוביאלית מסיבות רבות: נוכחות שוטפת של אנשים הלבושים ומתנהלים בצורה לא מבוקרת כניסת מלגזות וציוד פתיחת דלתות וחשיפה לעבר המפעל או לאזורי חוץ אי שמירה על תנאים נאותים מבחינת טמפ', לחות, אטימות ואיכות אוויר מבחינת חלקיקים ומיקרואורגניזמים הימצאות פוטנציאלית של חרקים ובעלי חיים נפחם הגדול וגובהם של המחסנים מהווה גורם בעל פוטנציאל רב להזדהמות חיטוי מחסנים, על פי רוב, אינו מתבצע דרך קבע. על מנת לבצע כעין 'איפוס' מיקרוביאלי ישנו צורך בהתגברות על אתגרי הנפח הגדול וכן החשש התמידי לפגיעה בציוד, אריזות, מוצרים, חומרי מבנה וקירות צבועים (אשר הינם חלק בלתי נפרד מכל מחסן מצוי), שיטת החיטוי בעזרת טכנולוגיית ה- VHP הוכיחה עצמה כשיטת החיטוי היעילה ביותר תוך התחשבות בגורמים אלה. התמודדות על מגבלת הנפח מתבצעת על ידי שילוב מספר מערכות. כאשר ישנו צורך בחיטוי מקיף ויעיל של מחסנים בנפח של עשרות עד אלפי קוב, יש להכניס לתוך המחסן מספר גדול של מערכות VHP אשר יעבדו יחד. כדוגמא לכך, פרוייקט חיטוי שבוצע במפעל קוסמטיקה ידוע שם באירופה, כלל הכנסתן של 50 מערכות VHP והפעלתן במחסן בנפח של 50,000 קוב עם גובה תקרה של 18 מטר. זמן התהליך המלא היה כ- 8 שעות והושג 4 LOG Reduction. לצורך שמירה על רמת החיטוי יחזור לקוח זה על התהליך בין פעמיים לשלוש בשנה. כך תצומצם ביותר בעיית הזיהום המיקרוביאלי במחסן. 
